黑暗降临时的一盏明灯
1932年6月5日，奥斯瓦尔德·维布伦被任命为第一位教授（有效期至1932年10月1日），其后是阿尔伯特·爱因斯坦（有效期至1933年10月1日）。1933年，约翰·冯·诺依曼、赫尔曼·韦尔（Hermann Weyl）和詹姆斯·亚历山大（James Alexander）加入。1934年，又有了马斯顿·莫尔斯（Marston Morse）的加盟。1932年年底，弗莱克斯纳向维布伦解释说：“我必须牢记凝聚团体的重要性，所有成员不会同时老去。你和爱因斯坦属于20世纪50年代早期，韦尔属于20世纪40年代中期，亚历山大属于20世纪40年代早期。这样，我们就避免了悲惨的命运。想必你还记得执事的那辆单马马车，100年后，它在毫无征兆的情况下摔了个粉碎。”冯·诺依曼于1933年1月被录用，当时他刚满29岁。普林斯顿大学同意在法恩楼为新研究院提供一个临时的场所。
1933年4月，纳粹分子在德国的大学发动“文化清洗运动”，来自欧洲的大批数学家在爱因斯坦的带领下来到美国，那时正值高等研究院运营初期。“德国的形势越来越糟糕，今天的报纸记述36所大学的教授和哥廷根一半的数学和物理教师被驱逐，”冯·诺依曼4月26日向弗莱克斯纳报告称，“如果这没有导致德国科学的毁灭，科学又会走向何方呢？”
弗莱克斯纳、班伯格兄妹和维布伦设想的庇护所本来是为了远离头脑麻木的美国大学部门的官僚主义，不成想最后竟成了躲避人道主义灾难的逃生之所。1980年，所长哈里·伍尔夫（Harry Woolf）在回顾前50年时写道：“研究院是黑暗降临时的一盏明灯，是一扇开启新生命的门，对于极少数人来说，也是最后的归宿。在这里，他们得以继续工作，并将大洋彼岸的优秀研究技术和风格传递下去。”维布伦担任洛克菲勒基金会紧急委员会主席，负责接待流离失所的德国学者。他用洛克菲勒的资金和研究院临时聘用的承诺对抗欧洲反犹太主义和美国大萧条的双重灾难。
问题在于如何让这些逃难的学者进入不断萎缩的就业市场，同时不致激怒那些反犹太主义者。虽然美国为教师和教授提供非配额签证，但是留给国内候选人的空缺尚且不足。所以，要为这些难民争取到名额，尤其是在普林斯顿，实在是很困难。高等研究院的邀请信，让普林斯顿这所历来抵制犹太学生和教师的大学，从难民科学家那里受益，而未花费任何相关费用。爱因斯坦的到来推动了这扇门的打开。尽管普林斯顿在美国革命中扮演着重要的角色，但是它已成为美国众多相对比较保守的聚居区之一。“一座古雅有礼的小村庄，人们像踩在高跷上的小半仙。”1933年，爱因斯坦向比利时女王这样描述道。
维布伦奋力争取的不仅是学术职务，还有土地：足以建立一个避难所，同时容纳与世隔绝的生活和思想。“美国的教育机构在一开始就犯了错误，购得的土地太少。”他写信给弗莱克斯纳，督促他收购“一块足够大的地皮，从而避免不良入侵者的打扰”。弗莱克斯纳本来主张将资金投入学术研究而不是地产，后来他也逐渐被说服了。“我打算现在悄悄地去普林斯顿走访一个星期左右，亲自了解一下大概的情况，因为这有助于我们做出最后的抉择，”他于1932年10月报告说，“我想抛开本科生教育活动，只专注于研究生的培养。”
一旦研究院正在选址的消息泄露出去，事情就无法挽回了。“我们提议在普林斯顿附近选址的事情已是路人皆知，我认为我们被动地成了地价高扬的受害者，我们最好早下决断。”马斯在1932年11月向弗莱克斯纳建议道。“如果我们遇到通胀，岂不是能够有效地尽快解决土地问题吗？”维布伦争辩说，“对我来说，至少有两个推荐的地址看似不错。”尽管班伯格兄妹抱怨“研究院购买土地的一项准则应该是达到最高标准，而不是追求规模”，但是维布伦坚持己见。到了1936年，总共购得土地约1.04平方千米，合计花费29万美元，其中就包括奥尔登农场的0.81平方千米。这处地产包括奥尔登庄园（前威廉·奥尔登的住宅，现为所长住所）、古老小径尽头农场工人的一排房子以及一个大型工作谷仓。
“我认为目前要谨慎地让这个事件平静下来，”1935年10月，弗莱克斯纳给班伯格写信说，“虽然我不想指责马斯先生或维布伦教授，但是我觉得他们都对收购额外的土地过于热衷，这会埋下一定的隐患。”12月，马斯向弗莱克斯纳报告时给出了班伯格兄妹的回应：“借收购土地扮演圣诞老人，做做慈善。”在接下来的几年中，维布伦与受大萧条困扰的土地所有者们展开了一系列艰难的讨价还价，将研究院持有的土地扩大到共计2.47平方千米，包括和石溪接壤的、现研究院树林的部分土地。“自从雪地上结了坚硬的冰层以来，我已经在研究院的新址上走过多次了，”1936年年初，他报告称，“这使我深入地探索了小溪附近的树林，相对于地面融雪后再来可要好多了。”1938年4月，维布伦从华盛顿渡河（Washington Crossing）的州苗圃安排了4万株常青苗木种植在研究院的土地上。
1937年，斯普林代尔高尔夫俱乐部与研究院协商，提出在研究院的新址上建造新俱乐部会所，让研究院占有学院路（College Road）上的旧会所（原斯托克顿的农场）。这一谈判失败后，研究院决定在奥尔登农场中部建设总部，其位置大概处于奥尔登庄园和石溪的中间。班伯格兄妹曾长期反对花钱兴建楼房，如今也改变了主意，这或许是因受到了高尔夫俱乐部老门卫的奚落。
富尔德楼是一个扩大版的法恩楼，它被搬到了远离普林斯顿大学的地方，也被赋予了发展的空间。数学家在公共休息室下棋，而董事们则在楼上的董事会会议室打牌。“他们都是朋友，也都是班伯格先生的老友，”赫尔曼·戈德斯坦回忆说，“马斯是他的律师，莱德斯多夫是他的牌友和会计师，这就是董事会的人事结构。可以说，像刘易斯·斯特劳斯这样的人都是那种犹太富商。”
研究院的学年分为两个学期，从10月到第二年4月，中间半年是时间充裕的寒假，除在研究院工作期间外，其余时间不承担任何责任或义务。“严格来说，工作人员另外半年都在度假，”据1933年的相关报道称，“但弗莱克斯纳博士发现，研究工作往往在‘假期中’做得最好。”弗莱克斯纳认为应给予常驻教员丰厚的薪酬，他同时指出，尽管财富可能会让他们从学术工作中分心，但“这并不意味着，鉴于财富可能给他造成损害，贫穷就对他有益”。这种慷慨并未延及访问学者，“因为享受了高津贴，这些成员就会留恋不去”。尽管出现了经济大萧条和第二次世界大战，但是教师的工资仍持续上涨。“厄尔（Earle）教授对工资的上涨幅度满心感激，但良知让他忐忑不安，并怀疑最近工资的上涨是否合法。”1945年，弗兰克·艾德洛特（Frank Aydelotte）这样写道，他是弗莱克斯纳的继任者。
普林斯顿大学教授将高等研究院称为“高薪研究院”（Institute for Advanced Salaries），而普林斯顿大学研究生则称之为“高级午餐研究院”（Institute for Advanced Lunch）。研究院的成立被认为是为了实现索尔斯坦·维布伦的最初呼吁（1918年）：“一个被赋予自由的中央机构，让所有国家的教师和学生，包括美国人和其他国家的人，都可以作为美国学术界的嘉宾在此追求自己选择的工作”，但这种说法并未得到公开承认。尽管弗莱克斯纳称之为“天堂”，维布伦的数学家们却再也没有体会到像在阿伯丁的计算棚屋或者法恩楼初期那样轻松随和的情谊。
弗莱克斯纳的任期较为短暂。他一开始就坚决反对“委员会、团体或教学人员召开枯燥和日益频繁的会议，一旦开启，这种向组织和正式磋商发展的趋势就永远不会停止”。然而，在他做出若干不受欢迎的决定后，包括政治经济学院两项不幸的终身任职，教师们召开了一系列的会议表示抗议。1939年10月9日，弗莱克斯纳离职，被弗兰克·艾德洛特取代（弗莱克斯纳忽视了维布伦的雄心壮志）。艾德洛特是路易斯维尔州从事教育的同事，之前是斯沃斯莫尔学院（Swarthmore College）院长和具有影响力的贵格会支持者，同时他不属于任何阵营，所以才能有效地管束科学家和人文学者。
尽管弗莱克斯纳毕生支持学术研究，但他从未声称自己属于这个群体。“我从来就不是一名学者，即使在约翰·霍普金斯大学的1884-1886年那两年间也没有产生学术成果——虽然学术研究确实让我产生了一种崇敬之情，我也一直和它在一起。”这段文字写于他1939年将所长职务转交给艾德洛特时。弗莱克斯纳被迫使他辞职的那次教师反叛深深伤害。冯·诺依曼对此保持中立，他永远也不会忘记是弗莱克斯纳的帮助让他留在了美国。感情是相互的。“弗莱克斯纳对约翰的态度真是有趣，”克拉拉说，“中间夹杂着两种不同的意味：既像一位叔叔疼爱最喜欢的侄子，也像一名马戏团教练在炫耀他训练的狮子的华丽表演。”
艾德洛特从一开始就是研究院的董事。第二次世界大战期间，他负责外交工作，准予一些人离开，如冯·诺依曼、维布伦和莫尔斯——他们当时从事战争工作，同时也为其余人维持一个避难所。“在那些可怕的日子里，整个欧洲到处停电、一片黑暗，似乎随时都会有燃烧弹点燃城市所产生的光亮。这是故事也是事实，而一些人可能会质疑投入人文研究的资金，包括用于金石学、考古学、古文字学和艺术史。”1941年5月他报道说。他不能公布研究院已经秘密为原子弹的研发工作提供了支持，但他的确宣称研究院坚定地支持“对我们称为文明的组织化的传统进行批判性研究，它也是维持这场战争的目的所在。我们不能而且从长远来看也不会为我们不理解的东西而战斗”。
1947年，罗伯特·奥本海默接替艾德洛特，直到1966年离任。弗莱克斯纳和艾德洛特都曾是业务熟练的教师和教育管理者，却都不是科学家。与他们不同，奥本海默既是一流的科学家和精通业务的管理员，也是历史和艺术鉴赏家。诗人艾略特（T.S.Eliot）曾接受艾德洛特的邀请，并将诗剧《鸡尾酒会》（The Cocktail Party）列为唯一“与高等研究院驻地相关的出版物”。艾德洛特到达奥本海默的“知识酒店”，并成为这位所长1948年秋季学期的第一位访客。
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