Ⅰ、人是精气神三位一体的整体
混元整体观认为，人体是精（形）、气、神（意识）三位一体的整体。其中的精（形）是人体混元气凝聚的实体物态，是人体生命活动的依附；气是人体混元气的非实体性物态，是整体生命活动的体现，起着充养形神的作用；神（意识）是人体混元气的特殊表现形式——意元体中的运动，是人体生命活动的主宰。三者的表现形式虽然有很大差异，那只是人体混元气的不同存在形式及其显现出的性能罢了，三者互相依存、互相转化，形成了一个有机的整体。
我们可以把一个完整的人看作是一个完整的系统，在它内部有三个相关的子系统的序参量，它们之间互相作用，通过合作竞争形成一个统一的序参量，在不同的情况下，形成的统一的序参量也有区别。这是否意味着人体这个统一体可以有不同的统一形式呢？是的，人体这个混元整体不仅有神气统一于形、神形统一于气、形气统一于神等诸方面的区别，而且有常人层次、练功层次与超常层次的区别，下分述之。
一、常人层次
（一）神气统一于形
在常人层次的生命活动过程中，神气往往被动地服务于形，这是一种低层次的统一。当人进行任何生命活动时，都需要把注意力（神与气）集中到相关的运动过程上去，运动的形成是在本能的基础上发挥神意的指挥作用。但全过程的集中表现，是神气依附于形体的，而且这一集中过程不是有意识去集中的，而是自然地进行与实现的，下面我们以用手拿水杯喝水这一动作为例来分析就明白了：
拿水杯的动机指令是由于喝水的需要、拿水杯的过程有拿的意念去支配手的动作，因而也有气往动作部位集中，但这神气集中的过程是自为进行的，不是自觉地、有意识地主导神气集中于手。常人的一切活动基本上都是这样完成的。
（二）神形统于气
常人常态是难以神形统一于气的。鉴于神气可以互相影响，即古说的“气一而动志”，所以当气有了突出变化时，可以把神与形“被迫”地牵连进来，中医理论中所说的“血气上逆，令人善怒”（《黄帝内经·素问·四时刺逆从论》）“怒伤肝”，精气“并于肺则悲”（《素问·宣明五气篇》）而“悲伤肺”，这种状态是气的变化连及情志而集中到形体（内脏）使之发生了病态变化。为什么常人常态做不到形神统一于气而只能表现于病态中呢？关键是人们还不懂得其中道理，没有学习运用这种机能的缘故。然而这一变化机能在人体中是存在的，当受到异常刺激超过一定限度时，会不知不觉地发生这种变化，于是就呈现了属于病态的现象。
（三）形气统一于神
常人常态更难于形气统一于神。但当神处于一种特殊状态——病理性的念头高度集中，如在精神病状态下，则呈现出形气听命于神的现象，精神病人的超能力跑跳、超体力搬物等，就属于病态下的形气统一于神。
二、练功层次
通过练功可以达到形气神的统一，尽管这一层次可以展现出较常人功能远为神奇的能力，但在神气形固有的特征方面尚未超出常人的框架。
（一）神气统一于形
练功时把神气集中于形，而且着重于形的各种运用，从而提高了形的各种功能。现在流行的健美锻炼属于神气集中于形，只是锻炼者尚未认识到其中的机理而已。若能运用气功机制炼之，当有事半功倍之效。武术锻炼、硬气功锻炼的初、中层次，多是神气统一于形，使形的功能超出常人。如硬气功表演的力托双吨、汽车过身、头撞石碑、银枪探喉等都是神气统一于形的结果。
（二）神形统一于气
练功过程中出现的自发动功，属于神形统一于气。当通过一定功法，使人体内的气机发动后，形成一股内在的气流（注意不是经脉之气，而是膜络的混元气）沿运动器官冲动，此时，神与气合，随气而动，结果促成了形的运动。此种形动，是气动为主因形成的，是神形跟气动（而不是违拗）的结果。练此功时，必须于全过程中保持精神之灵明，既要不失神本具之主宰功能，又要顺从气的运动机制，做到得失随中，恰到好处。否则，神为气奴，若加幻想、妄行导引之类，则有走火着魔、大动不已、难于自控的局面。这与常人精神病态的形气统一于神的表现有些近似，但实质并不相同。
（三）形气统一于神
形气统一于神必须在练功到相当水平方能实现。形气完全服从于神的调遣，达到神一动则形气皆动，神一静则形气皆静的状态，不经过艰苦锻炼是难以达到的。如练静功达到的神静诱发的呼吸、心跳停止（即古说的“念住、气住、脉住”的境界）、高超武术气功的腾空而起等都是这种状态。
三、超常层次
这一层次是练功到高层次达到的水平，它已经在形气神方面完全不同于常人状态了。这时已不能严格地区分所谓的形气神了，达到了形气神的真正的统一。如果仍勉强按照形气神来分，也只能作如下的简单描述：神气统一于形则呈不坏之身；神形统一于气则一气流行，无影无踪；形气统一于神则隐现自在。当然超常层次的统一，也有一个从低级到高级的变化过程。
总之，混元整体论的人的整体观，既包括常人常态的整体，又包括步入超常态的整体，而重点是要通过气功锻炼先实现练功层次的整体，以增强常态功能，而后逐步进入超常层次的整体境界。
整体观关系到智能气功的全部练功过程，如果能对人体各层次的生命活动与思维活动有深入的了解，于练功时就容易发挥意识的主观能动作用，强化各层次与意元体的联系。为了便于初学者对人这个整体的理解，下面再结合现代医学科学知识作一图表，名曰：“人的整体功能结构图”（见图4）。该图共分两大部分、七个层次。两部分：即意元体与生命体，两者交叉分布。人的整体功能活动在七个层次上进行——意元体层这是人的本质所在。它包括从事思维的思维领域（对此本图表略去），与从事支配生命的生命领域（本图表主要表示这些内容），它与脑合作，发放兴奋或抑制的指令（第二层）, 通过运动感觉神经来行使指令（第三层），而神经又有植物（不随意）神经与动物（随意）神经之不同（第四层）, 它是在连通肌肉或感觉终端的组织层次上活动的，这些活动必定引起组织内部的物质变化和能量变化（第五层），而物质与能量的变化总是相伴进行的，表现在细胞内物质的合成与分解，能量的发放与贮藏（第六层）。直至目前，医学科学虽然尚未弄清细胞内的能量变化与物质变化全部内容的实质，但对物质的合成、分解部分内容以及能量的发放与转化贮蓄的部分现象有了一定认识，基本上是在生物大分子层次上进行的（第七层）。这七个层次，按理来说统统都包括在意元体之范围内。鉴于生物大分子层次的活动，可以自然地进行（譬如把离体细胞放在适当的营养液中，可以继续进行新陈代谢），在常人状态下，意元体尚未真正统帅这一层次，所以图中只有一半划到意元体中，生命体则包括脑以下的全部内容，和意元体的生命领域交合到一起。
常人的整体活动只有随意运动是能够主动指挥的，除此之外，都是自然地进行的，因而人的整体生命活动还处在低水平。练气功旨在提高整体生命活动的可控程度，要把随意指令落实到各层次各部分，这是一个庞大的系统工程，非一步即可实现，若能合理规划，则可事半功倍。现将人的整体工程实施步骤规范如下：
1、先从第四层用功，练随意运动的可控性，即把兴奋、抑制运动的指令精确地体现出来（形神站桩即此）。
2、练感知的可控性，通过集中注意力来选择感知对象，排除干扰，提高感知的敏感度（捧气贯顶法即此）。
3、把随意指令运用到不随意领域，如内脏、血管等，这是在上述基础上进行的（五元桩有助练此）。
4、把随意指令用于第五层、第六层能量、物质的变化。当然以上所述，都不是独立地进行的。
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