基因测序报告成了“天书”,咋办?

如果你花钱请大仙算了一卦,但完事儿后,他不给你好好解卦,却直接丢给你一本根本看不懂的“解卦大百科全书”,让你自己去读,想不想骂人?
现在的基因测序服务经常就是这样。
基因测序,最近火得不行,不管是癌症患者,孕产妇,还是普通老百姓,都或多或少会接触到这个词。国内各种基因测序公司如同雨后春笋一般,“刺溜”一下就冒出来了。
基因测序本身是个非常好的东西,正在迅速改变大家的生活,我举双手双脚赞成靠谱的测序的应用推广,尤其是在癌症(比如遗传基因检测)、优生优育(比如测罕见遗传病)和微生物学(比如感染诊断)方面。
癌症是目前基因测序的第一大市场。现在对很多癌症患者,尤其是乳腺癌、肺癌、直肠癌患者,基因检测几乎是必做的。
但无论什么应用,基因测序有个最大的问题:普通老百姓看不懂结果,必须请专业人士咨询指导。
但目前多数公司“管杀不管埋”,测序结果出来后直接丢一堆分析表格给顾客。很多客人看到结果后,开始恶补生物医学知识,最后仍是一知半解。
有人向我感慨:“我真后悔当年高中生物课没好好上。”
为了让大家感觉好一点,我可以放心地说,即使你当年高中生物课好好上了,你还是看不懂。
要正确理解基因测序结果,必须要有长期的生物学,尤其是遗传学的训练。在答复了一些基因测序结果咨询以后,我发现,这也许是解决广大生物专业同学就业难题的好机会!
“21世纪是生物的世纪”,这句话把一群人忽悠进生物专业已经20年了,这群人在寂寞中隐忍不言,就是在等大家看不懂基因测序结果的那一天。
基因测序结果长啥样?
癌症患者基因测序结果到底有多复杂?下面是一份我帮助咨询过的肺癌基因测序报告的第1页(一共35页):
共检测基因:382基因全外显子
共检测碱基:1327478个
肺癌相关基因突变:12
肺癌相关靶向药物:0
肺癌相关化疗药物:7
现有临床药物试验:6
肺癌相关基因突变/多态性列表
NCCN推荐常见突变位点:
GSTP1基因:1105V杂合多态性
XRCC1基因:Q399R纯合多态性
患者张XX特有基因突变:
ADH1B基因:H48R杂合多态性
ATM基因:R337C突变(丰度75%)
CCND1基因:基因扩增1.8倍
DDR2基因:基因扩增约1.7倍
EGFR基因:D770delinsDG第20外显子非移码插入突变(丰度44%)
ERBB2基因:I655V杂合多态性,P1170A杂合多态性ERCC4基因:基因扩增约1.8倍
FGFR4基因:G388R杂合多态性
能读懂的请举手!
有多少人拿到这个报告,放眼只看到了“肺癌”“基因”“药物”这几个词?
全外显子是啥?NCCN是啥?杂合多态性和纯合多态性是啥?ADH1B基因是啥?R337C突变是啥?非移码插入突变是啥?基因扩增1.8倍是啥?丰度是啥?
一句话,到底应该怎么治?
别说普通大众,很多医生或生物专业的人都不能完全搞懂这些玩意儿。
有人也许能一眼看到“EGFR基因,DdelinsDG第20外显子非移码插入突变(丰度44%)”是最关键的,其他很多信息对确定治疗方案并没有什么用。但这需要很多年的专业训练。
对于大众,这样一份35页的报告,如果没人解读,无异于天书。
有人可能会说,基因检测结果的读者其实应该是医生,而不是患者或家属,稍微复杂一点无所谓。但如果我花了1万多块钱,我还是希望能懂一些东西,不是吗?何况,很多医生也根本搞不懂!
让人迷茫的风险评估
现在很多公司推广基因测序来进行癌症风险评估,或者筛查。
最近某一位女士花了6000元买了“女性癌症风险评估套餐”。该套餐测了20多个和乳腺癌、卵巢癌相关的基因。结果还真测出了p53基因突变,具体是Pro72Arg:说明p53基因第72位的氨基酸由脯氨酸(Pro)变成了精氨酸(Arg)。
项目:乳腺癌/卵巢癌易感基因(20基因,全编码区)
一、基因检测结果描述
1.本样本未检测到具有确定临床意义的基因突变。
2.本样本Tp53基因检测到杂合性突变,突变命名为Pro72Arg,目前数据表明,该突变的临床意义尚不统一。
3.本样本共检测到其他基因突变14处,与千人基因组数据对比,均为多态性位点。
二、结果解释
1.经患者本人知情并同意,对20个乳腺癌相关基因进行基因突变检测。
2.本样本Tp53基因检测到杂合性突变,突变命名为Pro72Arg,目前数据表明,该突变的临床意义尚不统一。
3.文献1-3表明,Pro72Arg突变与乳腺癌风险具有显着相关性。
4.文献4-7表明,Pro72Arg突变与乳腺癌、子宫内膜癌等风险无关。
p53可是和癌症相关最重要基因之一。这可把该女士吓坏了。
这突变是啥意思?她想先看看结果解释吧。不看不要紧,看完更晕,第3条说:“文献1到3说明Pro72Arg与乳腺癌风险具有显着相关性”,第4条说:“文献4到7说明Pro72Arg与乳腺癌患病风险无关”。
这不是自相矛盾吗?有风险还是没风险?
她给客服打电话,客服说:“抱歉,我也不懂。”
我拿到后,一时也不确定,去做了好一会儿功课。最后给她解读了3点(前方高能预警:此处开始有大量专业词汇,只是为了严谨,读者可以跳过,直达下一部分):
- Pro72Arg根本就不算是突变,而是自然发生的“基因单核苷酸多态性(SNP)”。这个多态性,简单来说,就是指正常人群之中,有些人p53基因第72位是脯氨酸,有些人是精氨酸,但重要的是,无论哪种,都是正常蛋白,不是突变蛋白!这就像有些人是A血型,有些是B血型,虽然不同,但都是健康的。
- 报告里面的第3条和第4条显然是互相矛盾的,这说明研究论文里对Pro72Arg到底是否增加癌症风险没有定论。
基因相关研究中这类矛盾的结果非常多!那怎么判断哪边观点比较靠谱?
最安全的办法当然是去读那些论文。但如果读不懂呢?那就看文章发表时间!
比如这里,说Pro72Arg增加癌症风险的文章大多发表在2005年之前,而说它没有增加风险的文章则是最近10年的。
请注意,一般来说,如果新旧研究论文水平类似,而且结论明显相反的话,我会选择相信新文章!
原因有二,首先科学是不断进步的,新的知识和技术往往让研究更全面、完善、准确;另外新文章在发表之前,要经过专家审稿。如果新文章结论和以往的相反,作者必须提供大量证据来说服专业审稿人。新文章得以发表,说明专业人士认可新的研究结论,而旧的结论可能不准确。
- 即使相信Pro72Arg增加癌症风险,这位女士也是很安全的,因为她是杂合子,而不是纯合子。生物学上,人是二倍体,每一种基因都有两份,一份来自爸爸,一份来自妈妈。杂合子的意思是说她只有一份基因是Pro72Arg,另一份还是普通正常版本。有一个正常版本,就够了,不会增加患癌风险。这里面的生物学就不具体展开了。
综合上面三点,我告诉这位女士:“别担心。”
靠谱的基因测序咨询师在哪里?
既然测序结果的解读如此重要,基因测序公司为什么不多雇一些专业人士做咨询师呢?
我能想到的有两种原因:第一,顾客群没有强烈要求,没必要去自我折腾,增加成本;第二,找不到合适的人。其中后者可能是主要原因:
- “基因咨询师”这个行业在中国刚刚出现,公司很难找到有资质的人。
- 国内基因测序公司还在群雄混战阶段,老总们都在专心抢市场,后台基因咨询师不受重视,收入也不高,有这功夫,还不如去开滴滴专车呢。
因此,基因测序后的咨询,现在是市场上很大的缺口。但我认为同时也是很好的机会。有需求就有市场,最开始做好咨询客服的测序公司很可能积攒良好口碑,占领先机,成为测序界的“海底捞”。不做测序,而专注做专业基因咨询,也许有机会占领后期市场,并衍生出新产品,甚至垂直逆向整合。另外,对很多生物专业同学来说,也是一个值得关注的就业领域。
21世纪什么最贵?人才!
所以,请珍惜你身边每一位学生物的同学吧!






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